Ett EDI-system (Electronic Data Interchange) hanterar data som inte får plats i Fortnox, tex produktinformation, bilder eller egenskaper. EDI kan också ha stöd för att lägga ordrar till kunder via partners som inte har tillgång till Fortnox. Ett integrerat EDI-system kan också ha funktioner för att skapa kunder och synka med Fortnox kundregister.